Oberstes Organ des Vereins WPO ist die Mitgliederversammlung. Diese wählt die Delegierten und übergibt diesen mit der Wahl die strategische Vereinsführung. Die Delegiertenversammlung setzt sich aus sechs Vertretungen der Mitgliedsgemeinden Regio Wil und sechs Wirtschaftsvertreter/innen zusammen.

Der Vorstand setzt sich zusammen aus sechs Mitgliedern. Der Vorstand:

Wirtschaftsvertreter:

• Hansjörg Brunner (Präsident)
• Marcel Mosimann
  
• Christof Oswald

Vertreter Politik:

• Thomas Goldinger, Gemeindepräsident Wängi
• Roman Habrik, Gemeindepräsident Kirchberg (Vizepräsident)
• Hans Mäder, Gemeindepräsident Eschlikon

Ebenfalls Teil des Vorstands, jedoch ohne Stimmrecht, ist Robert Stadler, Standortförderer und Leiter der Geschäftsstelle WPO.

Einsitz in der Wirtschaftskommission haben Wirtschaftsvertreter/innen der Region sowie die kantonalen Standortförderer St.Gallen und Thurgau. Die Wirtschaftskommission ist das Bindeglied zwischen Verein und den Unternehmen in der Region. Sie wirkt auf die künftige gemeindeübergreifende Standortentwicklung und -profilierung der gesamten Region am Portal der Ostschweiz. Innerhalb des Vereins vertritt sie die Interessen der Wirtschaft und entwickelt eigene Projekte im Interesse der regionalen Unternehmen, Gewerbe- und Handwerksbetriebe.